1990年8月，在文物保护科学技术研究所与文化部古文献研究室的基础上，合并组建成立中国文物研究所，1994年迁至北京市朝阳区北四环东路高原街2号现址。

作为改革开放新时期组建的中国文物研究所，其研究定位是根据国家文物保护科学技术发展规划，整合文物保护科技资源，承担国家重大文物保护科研课题和文物保护项目，具有综合攻关能力，指导全国的、与世界文物保护科技水平接轨的国家科研机构。其主要工作职责是承担国家重点文物保护单位的保护项目，开展对突发性的文物保护工作的调查研究，提出解决的办法和处理意见；承担重大、复杂的文物保护工程，开展文物保护重点课题研究；开展文物保护基础理论研究，为文物保护的科学管理提供依据；发挥国家文物行政管理部门科技顾问的作用；对各地方文物保护工程或项目进行技术指导；开展出土文献、文物和考古资料的综合研究；对国家重点文物资料和档案进行记录整理研究，汇集文物保护科技信息；开展文物保护科学技术和文物保护工程技术的应用研究；开展文物修复理念、方法和保护技术研究；开展文物保护科学技术规范和标准的研究；开展对文物保护管理和科技人员的培训；开展国内外文物研究、文物保护科技研究的学术交流与合作等。

中国文物研究所共设有六个科研部门，分别是古代建筑与古迹保护中心、文物保护科技中心、古文献与文物研究中心、文物资料信息中心、文物保护修复培训中心、文物保护基础理论研究室。

古代建筑与古迹保护中心：主要突出工程技术与方法、砖木结构和岩土结构文物保护的综合研究，开展文物保护维修工程方案的设计与指导，文物保护单位的保护规划编制，文物保护工程的规范、标准等相关课题的研究。

文物保护科技中心：重点是开展现代科学技术的原理、方法在文物保护中的应用研究，依据文物的特殊性质，探索符合文物保护原则的方法和手段；遵循文物的特殊性，确定科学严谨的文物保护方案；承担重要的文物保护项目。探索考古发掘现场文物保护技术，开展文物保护理论、方法与技术的课题研究。设有分析、检测、材料和新技术实验室，开展对金属、石质、壁画、丝织品及竹木漆器等文物损坏机理、保存环境、保护技术、保护方法等方面的研究。

古文献与文物研究中心：主要从事出土的简牍、文书、碑刻、甲骨等资料的整理与综合研究，承担简帛、墓志、残卷及一切有文字资料的整理、研究，制定相应的标准与规范。出土文献研究几乎涵盖了解放以来发现的不同时期的重要简牍、帛书，以及敦煌学及吐鲁番文书等文献整理和研究，以及建国以来出土墓志的综合整理研究.

文物资料信息中心：主要从事文物资料的保护及整理；对于全国重点文物保护单位档案和博物馆馆藏一级品档案的整理、保护和利用，并采用现代化信息手段管理。现有藏书近30万册，其中不乏包括明刻本在内的善本、手抄本和地方志，另有一批包括图纸、照片和拓片在内的重要档案资料。该中心的任务是保存、管理好这批资料，开展文物资料的整理与研究，及时了解和掌握国内外文物保护的最新成果，建立信息收集与交流系统，则是研究所的重要工作内容。

文物保护修复培训中心：利用科研机构、高校的资源，开展专业技术和管理人员资格培训，举办各类培训班、专题论坛，学术研讨，成为经常化、规范化、系统化的全国文物保护培训基地。培训中心面积1000平方米，三个高标准的陶瓷、金属、石质文物的修复实验室、测试室和技术档案室；多功能电化教室和资料室、学术会议室和办公室。

文物保护基础理论研究室：开展文物学、博物馆学以及文物保护等学科的基础研究，完成文物保护中重大科研项目的研究，结合文物保护工作实际，研究的领域重点在法规、标准、理念、体系等方面。