中国是历史悠久的文明古国，也是水下文化遗产大国。加强对水下文化遗产的调查、发掘、保护与研究，是国家发展海洋战略、维护海洋权益的重要工作，也是新形势下推动“一带一路”国家发展战略的重要举措。近五年来，中国水下文化遗产保护事业取得长足进展，国家文物局水下文化遗产保护中心挂牌成立，标志着国家级水下文化遗产保护专门结构的组建正式完成；“中国考古01号”建成下水，使我国水下考古技术装备水平一跃迈入世界先进行列；南海基地、北海基地（青岛基地）、宁波基地、福州基地、武汉基地的筹建或建成，形成了覆盖全国海洋与内水的工作格局；南海一号、南澳一号、丹东港北洋水师沉舰、小白礁一号等重要水下考古项目的顺利实施，取得了重要的学术成果，引起国内外学术界的广泛关注。
2009年，文化部、国家文物局依托中国文化遗产研究院设立“国家水下文化遗产保护中心”；2012年6月，中央编办根据国家文物局的意见，正式批复同意中国文化遗产研究院加挂“国家文物局水下文化遗产保护中心”（以下简称“水下中心”）牌子，负责组织实施全国水下文化遗产调查、发掘、研究和保护等工作；2014年6月4日，中编办正式批复国家文物局水下文化遗产保护中心独立建制；2015年3月1日，文化部部长为新成立的国家文物局水下文化遗产保护中心揭牌，原国家博物馆水下考古中心整编制划入新成立的水下中心。国家文物局水下文化遗产保护中心的正式成立，标志着国家级水下文化遗产保护专业机构的组建完成，中国水下文化遗产保护事业迈上了一个新的台阶。
根据国家文物局的批复，新组建的水下中心内设办公室（人事处、党办）、预算与财务处、水下考古所、出水文物保护所、技术与装备处、基地管理与服务处，主要职责为：
1、统筹全国水下文化遗产保护业务工作。承担全国水下文化遗产保护政策法规研究、标准拟制和事业发展规划编制，承担全国水下文化遗产保护资源数据管理、监测系统建设。
2、承担全国水下文化遗产保护项目初审和结项审核工作。负责基本建设涉及的水下文化遗产调查、发掘项目的组织、实施工作。
3、实施重要的水下文化遗产调查、发掘、研究、保护、展示项目，承担水下文化遗产保护规划和保护修复方案编制工作。
4、开展全国水下文化遗产保护技术研发、推广、咨询与服务工作，承担考古研究船等装备、设备的管理、使用工作，以及水下文化遗产保护专业人员培训和管理等工作。
5、承担国家水下文化遗产保护基地、工作站等的管理和业务指导工作。
6、开展水下文化遗产保护国际合作与交流。
7、承担国家文物局交办的其他事项。
与此同时，国家水下文化遗产保护南海基地（含西沙工作站）、北海基地（青岛基地）、宁波基地、福州基地、武汉基地也均已着手筹建，其中宁波基地已于2014年率先建成并投入使用，覆盖全国海洋与内水的工作格局已初步形成。
（一）南沙群岛海域水下文化遗产调查
经国家文物局批准，2013年5月19日至6月5日，水下中心联合海南省文化广电出版体育厅共同组建“2013年南沙群岛海域水下文化遗产调查队”，刘曙光主任担任领队，海南省文物局王亦平局长为副领队，先后对南沙群岛的渚碧、永暑和美济礁进行了水下文化遗产调查和相关线索的核实、确认。5月13日，国家文物局励小捷局长亲自为调查队授旗，勉励调查队开拓进取，圆满完成任务。
本次工作在海上前后历时13天，行程1500余海里，合计潜水67人次，潜水总时长5554分钟，水下人工搜索面积约54.29万平方米，调查水下文物疑点9处，确认水下遗存点6处（包括水下遗物点5处、沉船遗址1处），先后采集文物标本200余件，水环境样品20余份，同时对永暑礁1、3号等遗物点或周边海域进行了物理扫测，顺利完成了调查任务。
本次调查是我国首次由国家文物主管部门组织专业机构实施的南沙考古项目，填补了我国水下文化遗产调查的学科和区域空白，是我国文物考古工作、特别是水下考古工作的一次具有里程碑意义的新突破、新收获。同时，本次采集的文物标本是我国文物宝库中第一批有准确出水地点的南沙文物，补充和印证中国古代文献和民间史籍的记载，为南海维权提供了更多法理和历史依据，在宣示国家主权、捍卫我国文化安全方面具有重要意义。
（二）“南海I号的保护与发掘
“南海一号”沉船是迄今为止，有关海上丝绸之路最重要的水下考古成果。自2007年整体打捞成功后，“南海Ⅰ号”沉船一直保存在广东海上丝绸之路博物馆。2011年，根据国家文物局的要求，中国文化遗产研究院（水下中心）牵头组织专业力量，开展沉船保护与发掘的专题研究。2014年开始，水下中心与广东省文物考古研究所联合组队，开展"南海I号"考古发掘工作,清理出沉船基本轮廓，为一艘拥有13个隔舱的远洋贸易船，属我国古代的福船类型。南海一号出土（出水）文物十分丰富，包括瓷器、铁器、铜钱、银锭、金银器、漆器等。与此同时，由中国文化遗产研究院、广东省博物馆、广东省海上丝绸之路博物馆等机构组建的出水文物保护工作组也在发掘现场对“南海I号”船体及出水文物开展全面、科学、系统的保护工作。
（三）“南澳Ⅰ号”沉船考古发掘
“南澳I号”明代沉船遗址位于广东省汕头市三点金海域，是近年来水下考古的重要水成果之一。按照国家文物局的要求，水下中心与广东省文物考古研究所联合组队，经2010、2011、2012三个年度的发掘，顺利完成船载文物的水下发掘和信息提取工作，并采用钢质框架对水下沉船遗骸进行了原址保护。这是目前我国在较深海域（28米）大规模开展的一次水下考古发掘工作，考古队在清理船载文物的同时，侧重对船体结构、埋藏过程的关注和了解，并在潜水技术、发掘方法、保护理念等多个方面多有创新。与此同时，考古队还以“南澳I号”沉船为中心开展了系统的陆地调查和文献调查，组织包括出水文物保护在内的多学科力量对“南澳I号”沉船开展系统全方位的研究，在对我国明代的陶瓷业生产、造船航海术以及对外交流和贸易等重大课题研究方面具有重要意义。该项目曾被评为2010年度“全国十大考古新发现”。
（四）平潭海域（以海坛海峡为核心）水下考古调查
本项目选择具有代表性的独立海域单元为目标区域，尝试区域系统调查方法在水下考古调查中的应用，探索适合中国水下考古调查的理论与方法。2012年以来已系统探测约数十平方公里海域，发现一批沉船线索，取得了一批沉船调查数据。此项目的创新之处在于不以发现具体沉船疑点为单一目标，其重点在于通过文献收集、仪器探测、人工探摸、比较分析等多个环节探索新的工作思路及其可行性。
（五）丹东港北洋水师沉船调查
2014年8—10月，为配合丹东港集团有限公司的海洋红港基建项目，水下中心联合辽宁省文物考古研究所组织实施了丹东港北洋水师沉船遗址重点调查项目。调查中，发现沉舰两艘，一艘为经远舰，另一艘为致远舰或超勇舰。经过水下探摸，陆续确认沉船桅杆、两侧舷边、船艉等重要部位。调查时先后发现战舰标志的10管格林机关炮、钢炮、子弹、炮弹等武器弹药，伴出有大量铆钉铁甲板、木质船材、带英文字母瓷片等遗物。本项目是我国考古工作者第一次系统进行近代沉舰遗址调查工作，具有重要的学术价值和历史意义。
（六）“小白礁一号”发掘项目
2012、2014年 ，水下中心与宁波市文物考古研究所联合实施的“小白礁Ⅰ号”发掘工作，完成了“小白礁Ⅰ号”船货打捞与船体发掘工作，取得重要成果。该船出水船载文物包括瓷器、陶器（紫砂陶）、木器、铜器、银器、锡器、铅器、玉石印章、西班牙银币以及日本、越南年号钱币等，另出水有宁波鄞州特产石板材约300块。“小白礁Ⅰ号”已出水船体构件244件，包括龙骨、肋骨、肋骨补强材、肋骨连接板、隔舱板、隔舱板补强材、舱底垫板、桅座、船壳板等。从船体结构上看，“小白礁Ⅰ号”沉船残长约20.35米，残宽约7.85米，是中外造船技术相互融合难得的实物例证，具有十分重要的历史、科学和研究价值。 值得一提的是“小白礁Ⅰ号” 的工作模式实现了多学科协作、跨领域整合，成为近年来我国水下考古工作的一个典范。
除此以外，水下中心还与相关机构合作，在西沙群岛、南沙群岛、山东胶州湾、浙江舟山青岛、辽宁绥中、湖北丹江口库区、江西鄱阳湖等海域（水域）开展水下考古工作，均取得重要成果。其中，2013年赴南沙海域开展的水下文化遗产调查，是我国专业机构首次远赴南沙远海海域开展的水下考古调查活动。
（七）水下考古研究船
在国家文物局的大力推动下，我国第一艘水下考古船——“中国考古01”号于2013年4月11日在重庆开工建造，8月6日在青岛交付使用，9月6日首航出发。该船采用全电力推进动力方式，满载排水量980吨，全长57.91米，型宽10.8米，型深4.8米,核定载员30人，续航力1000海里。该船配备多波束声纳、旁侧声纳、浅地层剖面仪等相关设备，并预留升级空间以便新设备的安装使用。主要工作海域为我国近海和西沙海域，船上配备有考古仪器设备间、出水文物保护实验室、潜水工作室、减压舱、工作艇等，能够满足水下考古调查、发掘、出水文物现场保护、展示宣传工作。“中国考古01号”的建成并投入使用，使我国水下考古技术装备水平一跃跨入世界先进行列。